临床上淋病久治不愈的几种常见原因有以下几方面：首先是由于淋病患者患上的是否为单纯淋菌性尿道炎。研究证明，男性淋菌性尿道炎经常并发沙眼衣原体；而衣原体是介于病毒与细菌之间的细胞内寄生微生物，由衣原体引起的尿道炎才是非淋菌性尿道炎的根本病因，其症状同淋菌性尿道炎基本相似。
淋病是性病中发病率最高的一种，由淋病双球菌引起的急性或慢性泌尿生殖系统的化脓感染。主要以不洁性交的粘膜接触传染，急性期男性以尿道感染为主，觉得尿道痒、烧灼痛、排尿痛，有的尿道口及阴茎全部红肿，尿道口流出脓性分泌物，有的并发前列腺炎、精囊炎及尿道炎等生殖及泌尿系统炎症。淋病亦不可怕，明确诊断后，合理治疗很快治愈。然而，在临床上许多人久治不愈，究其原因，有以下几种。
首先是由于淋病患者患上的是否为单纯淋菌性尿道炎。研究证明，男性淋菌性尿道炎经常并发沙眼衣原体；而衣原体是介于病毒与细菌之间的细胞内寄生微生物，由衣原体引起的尿道炎才是非淋菌性尿道炎的根本病因，其症状同淋菌性尿道炎基本相似，不过较淋菌性尿道炎轻。如果出现淋病症状又不去做病原体检查，看是否合并有沙眼衣原体感染，仅治疗淋病，往往难以取得效果。
病原的体检查其实并不复杂，只需要将分泌物经染色涂片进行显微镜的检查就可以。当然如果想明确淋病是否合并了有沙眼衣原体感染，就应检测患者尿道上皮细胞有无衣原体包涵体，或进行衣原体培养。国外的很多性病专家认为：男性的尿道炎患者都需要同时进行淋球菌及沙眼衣原体检测，如果没有检测条件，那也需要同时进行治疗，以免遗漏，转成慢性或发生更多合并症。
淋病难以治愈的另一原因就是淋球菌对很多的治疗药物都有抗药性。医学研究机构已经发现对喹诺酮类药物耐药的淋球菌，而且这种细菌广泛流行，尤其近年在亚洲也有蔓延的趋势。另外对青酶素及四环素等抗生素有抗药性的淋球菌就更多。如果在淋病治疗上才用这些耐药的药物，对淋病的治疗效果当然不好。
最后，淋病很难彻底治愈的另一个重要原因是治疗的不及时。在感染淋球菌后，细菌会由浅入深、由表及里逐渐侵入。如果患者治疗及时而且合理，细菌会比较容易将清除。但治疗不及时，细菌很容易上行，在感染2周后就可以侵入后尿道，因此病人开始出现尿频、憋不住尿等现象，之后，淋菌可以侵入前列腺、精囊、附睾及膀胱等处，引起炎症。由于淋球菌侵入的这些器官，药物均难以到达，所以治疗效果也就差了。
另外重复感染也会让淋病久治不愈。就是说患者完成治疗后又与未经治疗的淋病患者进行性交而再次感染。所以淋病患者应彻底治疗，在本人及性伴侣都完成治疗之后才能恢复性生活。
那么怎么判断淋病被彻底治愈？医学专家建议，在临床症状消失、尿常规化验都正常以后，还需要在治疗结束后第4天及第8天，男性患者取前列腺液涂片检查，而女性患者需要做官颈及尿道涂片检查，并行淋菌培养，这些化验结果都是阴性以后才算治愈。
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